四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

　　这部电影设定在一个人类和布偶共同生存的世界。某天开始，80年代电视剧《欢乐时光帮》的布偶卡司们接连被谋杀，由人类和布偶组成的颇不搭调的侦探二人组开始展开调查。