位于日本南方的南十字岛，富饶美丽，抬头是那璀璨绝美的星空。正在海滩上徜徉漫步的扬卷和子（早见沙织 配音）和新藤诹访（福山润 配音），偶然救助了一名昏倒在海边的少年特纳西·塔科特（宫野真守 配音）。他是南十字学园高中部的新生，由于未能赶上最后一班船而跳入海中，从大陆游到南十字岛。性格明朗的特纳西展

　　总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。　　4年后——。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人，开始面对新的苦恼和试炼。

　　地球历2110年。成功进入宇宙的人类，把多个资源小行星收归入囊，他们认为这样就与未来和繁荣挂钩了。　　但是，在外宇宙的桥头保——木星圈，自称“泛银河统一帝国”的神秘势力乌鲁加尔袭来，使得地球陷入了关乎存亡的危机。　　这时候，通过操控遗传基因而适应宇宙的人类诞生了，因此成立了特务机关MJP，而其下